【賀茂の河原】播磨国の室の明神(兵庫県室津の賀茂神社。祭神は別雷命)に仕える神職と従者(ワキ・ワキツレ)が、同じ神を祀る都の賀茂神社に参詣し、鴨川に来る。

水桶を持った女たち(前シテ、シテツレ)が現れる。水無月も半ばを過ぎ、秋が近く風も涼しい夕方、女たちは心を澄まして神に供える水を汲む。
「素直に頼めば、神が人の世を正してくれるだろう。満たされぬ身なので、生きている間は神に参拝し、頼みにして水を汲もう」
御手洗川の水音が涼しい木陰は、糺の森から時鳥の声がして去りがたく、さっと村雨を降らせた雲が夕日を陰らせ、夏を忘れるような居心地の良い場所だ。
御手洗の声も涼しき夏陰や　声も涼しき夏陰や　糺の森の梢より　初音古り行く鵑　猶過ぎがてに行きやらで　今一通り村雨の　雲も陰ろふ夕づく日　夏無き水の川隈　汲まずとも影は疎からじ
神職は女に声を掛けて身分を明かし「川辺に新しく祭壇を築き、白木綿に白羽の矢を立て、信仰するご様子なのはなぜです」と尋ねる。女はその矢が賀茂神社の御神体だと教え、謂れを語る。

【白羽の矢の謂れ】昔、賀茂の里に秦の氏女という人がいて、朝夕この川の水を汲み神に手向けていた。ある時、水上から白羽の矢が一本流れて来て、水桶に止まったので、持ち帰って家の軒に挿した。女は程無く懐妊し、男子を産んだ。その子が三歳の時、人々が集まり「父は誰だ」と尋ねると、子は矢のところに行って指さした。たちまち矢は雷となり、子は天に上がって神となった。別雷の神とはその子のことである。母も神となって、賀茂の三所の神社に祀られている。
聞き終えた神職が「その矢は上代の物で、今の矢は別物なのに、御神体になるのはなぜです」と聞くと、女は「ご不審はもっともですが、区別は無いのです。何事も心次第で、澄むも濁るも、同じ流れの様々な姿なのです。賀茂の川瀬も、上は賀茂川、下は白川、その中でも異名があり『石川や瀬見の小川の清ければ月も流れを尋ねてぞ澄む』(新古今集)と詠われました。澄むも濁るも同じ、何の疑いがあるでしょう。年月は矢のように早く過ぎ、惜しんでも帰らないのはもとの水。流れが絶えぬことこそ神への手向けなのです。さあ、水を汲みましょう」と言う。
賀茂の川上がどんな所かというと、岩や松の根を洗って激流が飛沫を散らす貴船川。紅葉が水面を隠すほど降る大井川。嵐山のふもとの戸無瀬は有名だろう。清瀧川の水を汲むなら、高嶺の深雪を融かす朝日を待ってから。比叡の音羽の滝波は、汲まずに受けて頭の雪といただく。
「滝の流れのような白髪になることも、我が身の上のことと知りなさい。老いるのは日が暮れるのと同じく瞬く間のこと。今日の現実も夢と同じです。影を映しても濁りの無い水を汲み、御神慮を汲み取りましょう」
誰も知れ老いらくの　暮るるも同じ程無さ　今日の日も夢の現ぞと　映ろふ影はありながら　濁り無くも水掬ぶの神の慮汲まうよ
女は矢に向かい礼拝する。僧が素性を尋ねると、女は威厳に満ちて「君を守る神徳を告げ知らせようと現れ出た」と、自分が神であることを明かし、真の姿があからさまになることを恥じて、木綿垂(幣)に紛れて神隠れになる。〈中入〉

【神々の来現】夜、御祖の神(後ツレ)が現れる。神仏に縁の無い衆生さえ我が子と思って見守り、御代を守る神徳を語り、美しい女神の姿を見せて舞う。〈天女ノ舞〉賀茂の山並みを映した川面に浸した袖も緑に染まり、涼し気に裳裾を濡らしていると、山河草木が揺れ動き、別雷の神が来現する。〈早笛〉

「王城を守る君臣の道を知る、別雷の神」と名乗る。ある時は善神となり虚空に飛行し、ある時は地上に降りて衆生に交わり縁を結ぶ、雄大な有様を示す。〈舞働〉
別雷の神は空に住んで自在に風雨を降らせ、雷で雲霧を穿ち、稲妻を光らせて稲葉の露に宿る。雷鳴が雨を起こして降る雨音はほろほろ、とどろとどろと、踏み轟かし鳴神の鼓を鳴らし、時到れば五穀を実らせ国土を守護する威光を現す。
御祖の神が糺の森に飛び去ると、別雷神も雲霧を分け天に昇り、虚空に消える。